Günümüzde müze olarak kullanılmakta olan Trabzon Ayasofya Kilisesi, Trabzon İmparatorluğu krallarından 1. Manuel Komnenos zamanında (1238-1263) inşa edilmiştir. İngiliz seyyah ve araştırmacı G. Finlay tarafından 1427 yılına tarihlenen Çan Kulesi kilisesinin batısında yer almaktadır. Kilisenin kuzeyinde bulunan üç apsisli şapel kalıntısı ise daha erken bir döneme ait olmalıdır.